Hacia fines del virreinato el colegio empezó a sufrir constantes cambios de uso: fue Cuartel de la Milicia y Escuela de Artes y Oficios. Y a partir de 1966 funcionaron diversas dependencias sanmarquinas: la Biblioteca Central, la Oficina de Registro Central, el Archivo Histórico, el Seminario de Historia Rural Andina de la Facultad de Ciencias Sociales (que dirigió Pablo Macera) y el Centro de Investigación de Lingüística Aplicada de la Facultad de Letras y Ciencias Humanas. 

No obstante su valor, el paso del tiempo y las múltiples intervenciones han afectado a la casona: las estructuras están desgastadas y muchos ambientes están en grave riesgo de destrucción. Frente a ello, la UNMSM propone la recuperación total del inmueble como un espacio multifuncional para la universidad, el congreso y la ciudadanía en general, con oficinas y ambientes de reunión, un museo y un auditorio. Como parte de ese impulso, la Comisión de Cultura del Congreso declaró de interés nacional y necesidad pública su recuperación, conservación y puesta en valor.